Hatun Ñan es una instancia de gestión académica dependiente del Rectorado de la UNSAAC. Su creación  se encuentra  sustentada  mediante la suscripción del Convenio entre la UNSAAC con la Fundación Ford  mediante  su programa Pathways to Higher Education en el año 2003.

El objetivo central tiene que ver con la mejora del desempeño académico de los estudiantes de origen quechua, aymara y amazónico que siguen una carrera profesional,por medio de actividades pedagógicas de aprendizaje, de formación  y de difusión, que permitan el desarrollo de sus habilidades, potencialidades y talentos, al tiempo de reafirmar sus valores culturales, sus identidades y sus características étnicas, para prestar atención a las deficiencias académicas y de formación profesional  y mejorar los índices de deserción, desempeño académico, egreso y de titulación.En el presente cuenta con un total de  335 alumnos inscritos de origen quechua, aymara y amazónico de los cuales 285 pertenecen a la sede del Cusco y 50  en la filial de Quillabamba.

El programa está organizado por medio de las siguientes actividades y servicios: La tutoría universitaria, los cursos de apoyo académico, actividades culturales, servicios de centro de cómputo y de atención psicológica.